‘Örgüt mensuplarının Yüksek Askeri Şura (YAŞ) kararlarının ardından tasfiye edilecekleri veya emekliye ayrılacaklarını anladıklarını, bu durumun örgütün son 40 yıldır ortaya koymayı planladığı oyununun İzmir'deki soruşturmayla heba edileceğini değerlendiren Fethullah Gülen'in talimatıyla, üst düzey askeri personeli korumak maksadıyla, YAŞ öncesi hazırlıkların tamamlanarak darbe girişimine karar verildiği’ kaydedilen iddianamede, darbe girişiminin dış istihbarat birimleriyle bağlantılı olduğuna vurgu yapıldı.
İddianamede şu ifadelere yer verildi: "15 Temmuz 2016'da saat 22.00 sıralarında 'Yurtta Sulh Konseyi' adı altındaki sözde bir teşekkül tarafından hazırlandığı anlaşılan darbe girişimine kalkıştığı, olay gecesi Genelkurmay Başkanlığı Karargahından tüm askeri birliklere gönderilen 'Sıkıyönetim Direktifi' adı altında bildiriyi bağlı tüm birliklere gönderdikleri, Yurtta Sulh Konseyi'nin 2016 yılı ramazan ayı içerisinde FETÖ/PDY silahlı terör örgütü yönetici kadrosu tarafından kurulduğu, konseyin aldığı kararları neticesinde askeri birliklerden sorumlu olan ‘abi’lere talimatların iletildiği, içine sızdıkları askeri kurumlarda bulunan örgüt mensuplarına talimatların 16 Temmuz günü saat 03.00'de eylemi gerçekleştirmek için önceden verildiği, Yurtta Sulh Konseyi'nin sıkıyönetim eylem planının 15 Temmuz'da, gün içerisinde deşifre olmasını müteakip, örgüt üst düzey yöneticilerinin ve bağlantılı oldukları dış istihbarat birimleri tarafından öne alarak aynı gün saat 21.00'den itibaren eylem planının uygulamaya koydukları anlaşılmıştır."
FETÖ/PDY'nin askeri, emniyet, adli, askeri yargı, devlet erkleri içerisindeki örgüt üyelerine bir şekilde dolaylı yollardan ulaşarak gerçekleştirilen darbe girişimine destek vermelerini istedikleri ancak teşebbüsün deşifre olması nedeniyle sivil ayağında bulunan FETÖ mensuplarının teşebbüste etkinliklerinin azaldığının anlatıldığı iddianamede, şöyle devam etti: "Devlet erklerine yerleştirilen, FETÖ/PDY içerisinde 'altın nesil' olarak tabir edilen örgüt üyelerince gerçekleştirilen ve anayasal düzene bağlı vatandaşlarımızca bertaraf edilen darbe girişiminin, YAŞ kararları neticesinde emekliye sevk edilecek, TSK mensuplarının emekli edilmesiyle yerlerine gelecek insanların örgüt mensubu olmama ihtimalinin yüksek olması, bu durumun TSK'da örgütün zayıflaması olarak görülmesi 'Altın Nesil'in zayıflayacağının anlaşılması neticesinde yapıldığı soruşturma dosyası kapsamında değerlendirilmiştir."
‘Örgüte gönülden bağlı ve TSK'nın en kritik yerlerine yerleştirilen askerlerin, tehdit ve şantajda bulunduğu FETÖ mensubu olmayan bazı askerleri eyleme zorladığı’ ifade edilen iddianamede, şunlar kaydedildi: "Yıllar içinde silahlı terör örgütü temasa geçen, yolları kesişen bir kısım şüphelilerin örgütün kendilerine sunduğu imkanları zaman içinde kullandıkları, darbe girişimi günü ise bir kısım darbe girişimine gönülsüz olan örgüt üyelerine, sağlanan menfaatler hatırlatılarak adeta diyet istendiği, destek verilmemesi halinde örgütün bunları deşifre edeceğine yönelik şantaj ve tehdidi ile bu darbe girişimine katıldıkları, önemli bir kısmının ise örgüte gönülden bağlı sinir uçlarında görev yapan askerler olduğu sonucuna varılmıştır. Örgütün, o gece bir kaplumbağa sabrı ile sinir uçlarına yerleştirdiği kritik önemdeki personel ile Türk Silahlı Kuvvetlerinin en üst kademesini rehin alarak, emir komuta zincirinde oluşturduğu büyük kargaşa ve boşluk sonucu yarattığı kaos ortamı içinde, derin bir belirsizliğin oluşmasına, o gece pek çok askeri birliğin hayati bir zaman süreci içinde eylemsizlik içinde kalmasına neden olduğu değerlendirilmiştir."
İddianamede, darbe girişiminin yaşandığı gece üst komuta kademesindeki komutanlarından haber alınamaması, Genelkurmay Başkanlığı’nın önünde bekleyen çok sayıda ambulans görüntüsü eşliğinde basına düşen haberler, suç örgütünün planlı bir şekilde gönderdiği sıkıyönetim harekat emirlerinin bir belirsizlik ve eylemsizlik ortamına neden olduğu ifadeleri yer aldı.
Darbe girişiminin hangi gerekçelerle ve nasıl başarıya ulaşamadığına dair tespitlerin de yer aldığı iddianamede, şunlara değinildi: "1. Ordu Komutanı Orgeneral Ümit Dündar, Ege Ordusu Komutanı Orgeneral Abdullah Recep ve diğer komutanların tehdit altında olmalarına rağmen, zor şartlar altında hemen bir durum değerlendirmesi yaparak inisiyatif alarak emir komutayı üstlenmeleri, kaos ortamına itilmeye çalışılan orduya liderlik etmeleri, Özel Kuvvetlerde görevli Astsubay Başçavuş Ömer Halisdemir'in, Başbakan, önemli bakan ve bürokratları enterne ederek, (gözaltına alarak) darbe girişimine karşı direnişi sona erdirmeyi planlayan FETÖ/PDY terör örgütü üyesi Tuğgeneral Semih Terzi'yi hayatının pahasına etkisiz hale getirmesi, üst komuta kademesinin özgürlüklerinin kısıtlanması ve ağır tehdit altında olmalarına karşın, yapılan tüm baskılara ve fiziksel şiddete rağmen askeri darbe girişimine destek vermemeleri, Sayın Cumhurbaşkanının hayati riski olmasına karşın, gökyüzünde dolaşan silah yüklü örgüt mensuplarının kontrolündeki jet uçaklarına rağmen uçağa binerek İstanbul'a gelmesi ve halkı direnişe çağırması sonucu Türkiye Cumhuriyeti Devleti tarihindeki en utanç verici ve rezil darbe girişimi ülke genelinde kontrol altına alınmış, İzmir'de il bürokrasisinin direnişe hazırlanan, ellerinde çok etkili askeri vurucu güç bulunan bazı birlik komutanlarını teslim olmaya ikna etmeleri, sahada etkili bir şekilde çalışarak darbecilerin emellerine fırsat vermemeleri neticesi kansız bir şekilde sona erdirilmiştir."
Darbe gecesi ve sonrası gece yarılarından sabahlara kadar toplanan farklı ideoloji, düşünce, mezhep ve ırktaki halkın ‘ülkenin teminatı’ olduğuna değinilen iddianamede, şu yorumda bulunuldu: "Bizler bu yurdun çocuğuyuz. 600 sene dünyaya hükmetmiş Osmanlı'nın torunu, en düştüğü anda Mustafa Kemal Atatürk'ün önderliğinde küllerinden doğan yeni, çağdaş, demokratik cumhuriyetin nesilleriyiz. Farklı inanç, değerlerimize rağmen birlikte yaşarız. Siz ne kadar, başımıza büyük felaketler getirmeye, bizleri bölmeye çalışsanız da bizler komşuyuz, kardeşiz, karı kocayız. Bu sayede milli felaketler şuuru gelişmiş bir milletiz. Bu devlet her bireyin kendi inancını, hayat tarzını yaşadığı çağdaş bir demokrasi olarak kalacak, aksine ısrar ederseniz, o gece ne olduysa, gene o olacak. Bağrımıza gömdüğümüz kahramanlarımız size gereken cevabı her zaman verecek."