İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülen soruşturmada, TCMB’nin ana hissedarı olduğu Bankalararası Kart Merkezi’nde (BKM) 2023 yılında yapılan 'Çipli Plastik Kart Alımı' ve 'Troy için Yazılım Geliştirme' ihalelerinde usulsüzlük tespit edildiği gerekçesiyle Şener hakkında işlem yapılmıştı.
Tutuklu bulunan Emrah Şener, sulh ceza hakimliğinin kararıyla 'konutu terk etmeme' ve 'yurt dışına çıkış yasağı' şeklindeki adli kontrol şartları uygulanarak tahliye edildi.