Danıştay'ın yürütmeyi durdurma kararında "anayasa ve yasalar gereği ulusu çağdaş uygarlık düzeyine ulaştıracak teknik, ekonomik, kültürel ve sosyal gelişme alanlarında iyi bireyler yetiştirilmesi ve bunun için ülke çapında etkin önlemler alınmasının devletin devredemeyeceği görevler arasında olduğu" vurgulanmıştı.
Cumhuriyet'ten Işık Kansu'nun haberine göre, MEB, Danıştay 8. Dairesi'nin bu kararına itiraz etti. Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu, bakanlığın itirazını yerinde bulmadı ve Danıştay 8. Dairesi'nce verilen yürütmeyi durdurma kararını örgün eğitim kurumları açısından kabul etti. Böylece, Ensar Vakfı ile yapılan protokolün, okulöncesi, ilköğretim, ortaöğretim kurumlarında uygulanmasının durdurulması gerektiği bir kez daha yargı tarafından karara bağlanmış oldu.