Cumhuriyet Savcısı Adem Akıncı'nın hazırladığı 609 sayfalık iddianame, Ankara 2. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. İddianamede, Fetullah Gülen'in de aralarında olduğu 28 şüpheli yer aldı. Suikastı düzenleyen polis memuru Mevlüt Mert Altıntaş için "terörist" sıfatı kullanıldı, Rusya'nın Ankara Büyükelçisi Andrey Karlov suikastın 'FETÖ'nün bir eylemi olduğu savunuldu. İddianamede örgütsel şemaya da yer verildi.
Gülen'in onayıyla, Samanyolu TV'de yayınlanan "Nizama Adanmış Ruhlar" dizisinin 89. bölümünde konu edinen bir büyükelçiye yönelik suikast planının devreye alındığı ileri sürüldü.
Karlov suikastının 'istihbarat eylemi' tarzındaki terör eylemi olduğu savunuldu. Soruşturmada, MİT'in içinde bir FETÖ hücresi tespit edildiği, bu hücrenin 19 Aralık 2016'daki eylemin istihbaratını sağladığı öne sürüldü.
Suikast görüntülerinin TRT'de yayınlanmasıyla ilgili değerlendirme de iddianameye girdi:
— Büyükelçinin konuşmayacağını bildirmesine rağmen TRT'nin ekip gönderdiği, yayınlamama kararı verildiği halde TRT 1 Ana Haber'den Muhammet Ensar Çakır tarafından Erhan Çelik'in talimatıyla görüntülerin yayına hazırlandığı, Kezban Bülbül'ün kararı bildiği halde ekibi uyarmadığı, yaşanan gelişmelerin gerçekleşen saldırı ile bağlantılı olduğu, bu hususun habercilik ve haber yapma kavramları ile açıklanamayacağı anlaşılmıştır.