Söz konusu açıklama sonrası Halk TV canlı yayınına bağlanan eski savcı Yüksel, Erdoğan'ın idamla yargılanmasını talep ettiği yolundaki iddiayı reddetti. Yüksel, şunları söyledi:
"Basında yer alan Atatürk hakkındaki aleyhte bazı sözlerini içeren kasetler nedeniyle soruşturma başlattım. Soruşturma devam ederken sayın Cumhurbaşkanı'nın da ifadesine başvurdum. Daha sonraki süreçte soruşturmayı genişlettim ve belediye başkanlığı döneminde geçirmiş olduğu soruşturmalarla ilgili raporları da getirttim. Tutuklama istediğim doğru, ama tutuklamadılar. Dava açılmadığı için idamla yargılanması gibi bir durum söz konusu değildir. Bu şekilde soruşturma benden çıkmış oldu efendim."
Dönemin İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Erdoğan, 6 Aralık 1997'de Siirt'te düzenlenen bir açıkhava toplantısı sırasında topluluğa yaptığı konuşmada, Ziya Gökalp'ın 1912 yılında Balkan Savaşı'ndaki Türk askerler için yazdığı "Asker Duası" adlı şiirinin sonradan değiştirilmiş bir versiyonundan bir dörtlük okumuştu. Erdoğan, "Minareler süngü, kubbeler miğfer. Camiler kışlamız, mü'minler asker. Bu ilâhi ordu dinimi bekler. Allahu Ekber, Allahu Ekber" demişti. Okuduğu dörtlüğün bu şekliyle Gökalp'e ait olduğunu iddia eden Erdoğan, konuyla ilgili olarak "konuşmamın bütünü incelendiğinde millî birlik ve beraberlik mesajım verildiği görülür" demişti.
Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Başsavcılığı, Erdoğan hakkında Türk Ceza Kanunu'nun 312/2 maddesine göre "halkı din ve ırk farkı gözeterek kin ve düşmanlığa açıkça tahrik etmek" suçlamasıyla hazırladığı iddianamesini 12 Şubat 1998'de tamamlamış, bir yıldan üç yıla kadar hapis istemiyle dava açılan Erdoğan'ın yargılanmasına 31 Mart 1998 günü başlanmıştı. 21 Nisan 1998'de sonuçlanan davada, Erdoğan'ın suçu sabit görülmüş ve bir yıl hapis ile 860.000 TL ağır para cezası verilmişti. Daha sonra duruşmadaki hâli ve tavrı göz önüne alınarak cezası 10 ay hapis ve 176 milyon 666.666 TL para cezasına çevrilmişti.
23 Eylül 1998'de Yargıtay 8. Ceza Dairesi tarafından, bire karşı dört oyla onaylanmıştı. Ceza infaz yasası gereği hapis cezası 4 ay 10 güne inerken, çeşitli ertelemeler sonrasında İstanbul üyükşehir Belediye Başkanlığı görevini bırakan Erdoğan 26 Mart 1999 günü Kırklareli'nin Pınarhisar ilçesindeki Pınarhisar Cezaevi'ne girmişti. Erdoğan, 24 Temmuz 1999'da ceza süresini tamamlayarak cezaevinden tahliye edilmişti.
Erdoğan, Kazakistan ziyareti sonrası uçakta gazetecilerin sorularını yanıtlamış; "Benim de idama mahkûm edilmem istendi ama son anda yırttım. Bizi de apar topar götürüyorlardı. Niye şu yatırımı yaptık diye idamımızı istediler. O meşhur savcı vardı, Nuh Mete Yüksel. Baktık bizim idamımızı istedi, Allah'tan adil bir hâkime rastladık da, bir de nöbetçi mahkeme çıkardılar. Dedim tezgâhı kurdular herhalde" demişti.
