Üst mahkeme olan 6. Ağır Ceza Mahkemesine sunulan itiraz dilekçesinde, Bilgen'in üzerine atılı suçlar yönünden kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren somut delillerin bulunması, terör örgütü üyesi olmak suçunun CMK 100/3 maddesinde belirtilen suçlardan olması, mevcut delil durumu ile suçun vasıf ve mahiyeti gerekçe gösterilerek, adli kontrol hükümlerinin yetersiz kalacağı gerekçe gösterildi.
Tutukluluk değerlendirmesi yapan 5. Ağır Ceza Mahkemesince tahliyesine karar verilen Ayhan Bilgen, Silivri Kapalı Ceza İnfaz Kurumundan tahliye edilmişti.
İddianamede, Bilgen hakkında, "silahlı terör örgütüne üye olmak", "2911 Sayılı Yasaya Muhalefet" ve 6-8 Ekim olaylarına ilişkin "suç işlemeye tahrik" suçlarından 8,5 yıldan 23 yıla kadar hapis cezası, mahkumiyeti halinde Türk Ceza Kanunu'nun ilgili maddesinde öngörülen hak yoksunluklarına hükmedilmesine karar verilmesi isteniyor.
