MHP ve AK Parti'de 'başkanlık sistemi rahatsızlığı' olduğuna ilişkin iddialarda bulunan Peker, "Referandum için tüm gücüyle çalışan teşkilatları tenzih ederim ancak partili cumhurbaşkanlığı sistemini destekleyen, referandumda evet oyu çıkması için çalıştığını belirten partilerin teşkilatlarında görevli bazı arkadaşlarımız başbaşa kaldıklarında; bakanlar artık dışarıdan atanacak, biz tanımadığımız bu adamlara nasıl ulaşacağız. Bizden rica edilen işleri nasıl yaptıracağız diyorlarmış" ifadelerini kullandı.
"Referandumu evet olarak destekleyen siyasi partilerin teşkilatları beni lütfen yanlış anlamasın" diyen Sedat Peker, şöyle devam etti:
"Ancak bu referandumdaki maddeler, sadece referandumu destekleyen siyasi partilerin teşkilatlarının yaptıkları çalışmalara bırakılamayacak kadar büyük bir meseledir."