İddianameden dikkat çeken başlıklar şöyle:
'TAKİYE YAPMIŞLAR'
"15 Temmuz'da FETÖ'nün TSK bünyesindeki mensuplarıyla son bir hamle yaptığı" belirtilen iddianamede, "28 Şubat sürecinde, 'irticayla mücadele' adı altında kendi inançlarına göre dininin gereklerini yerine getirmeye çalışan başta askerler olmak üzere kamu görevlilerinin hayat ve inanç tarzlarına müdahale edilmek suretiyle tasfiye edilerek bu süreçte örgütsel gizlilik kuralları gereği ‘tedbir' adı altında kendilerinin ve ailesinin hayat tarzını değiştiren, bir anlamda ‘takiye' yapan örgüt mensuplarının önünün açıldığı, yaşanan sürecin örgütün TSK içerisindeki kadrolaşmasında önemli bir dönüm noktası olduğu anlaşılmıştır" tespiti yapıldı.
28 Şubat sürecinin ardından 'FETÖ'nün tüm anayasal kurumları (yasama, yürütme, yargı) ele geçirmek olan nihai hedefine ulaşabilecek gücü elde ettiğine inandığı, bu özgüvenle nihai hedefe ulaşmaya yönelik eylemlerini arttırdığı, "Ergenekon, Balyoz, Poyrazköy, Askeri Casusluk, Tahşiye, Selam Tevhid, MİT TIR'ları ve 17-25 Aralık" isimleriyle bilinen kumpas soruşturmaları başlattığı belirtildi.
'GENERALLERİN ÖNÜ AÇILDI'
'FETÖ'nün TSK içindeki kadrolaşmasına ilişkin Ankara FETÖ çatı iddianamesindeki "Terör örgütü, kadrolarını general ve amiral yapmak, TSK'nın üst yönetimini ele geçirmek için soruşturma ve davalar açtırmıştır. Ergenekon ve benzeri davalar TSK içerisindeki diğer görüşteki askeri bürokrasinin tasfiyesi için açılmıştır. FETÖ mensupları albay ve general kadrolarına terfi ettirilmiş ve bu yolla önleri açılmıştır" tespiti iddianamede de yer aldı.
'GÜLEN'DEN 28 ŞUBAT'A DESTEK'
İddianamede ayrıca, Zaman gazatesinin 1 Temmuz 1997 nüshasında Erbakan'ın istifası sonrası kurulan hükümet için "Hayırlı olsun" başlığının atıldığı bilgisine yer verildi.
'TSK'DAN FETÖ'CÜ ATILMADI'
İddianamede, FETÖ'nün bir dönem önemli kademelerinde yer alan kişilerin ifadelerine yer verildi. 2003'te örgütten ayrılan Süleyman Sait Alpsoy, tanık olarak verdiği ifadede, 1990-98 yılları arasında ordudan binlerce subay ve astsubay atıldığını ancak hiçbirinin FETÖ'den olmadığını, bunu net bir biçimde anladığını öne sürdü.
'AKADEMİ YÜZDE 60 FETÖ'CÜ'
İddianamede FETÖ ile bağlantılı olduğu iddiasıyla 1983-2003 yıllarında TSK'da 154'ü subay 258'i astsubay olmak üzere 412 askeri personelin, Yüksek Askeri Şûra kararıyla ihraç edildiği, 2003'ten sonra ise ihraç işlemi gerçekleşmediği de belirtildi.