Davaya ilişkin kararını okuyan mahkeme başkanı davanın düşürüldüğünü söyledi. Mahkeme kararına gerekçe olarak, "İsrail devleti ile Türkiye Cumhuriyeti arasındaki anlaşmanın 4. Maddesinin 2. Cümlesiyle ‘her halükarda bu anlaşma İsrail'in, İsrail adına hareket edenlerin ve İsrail vatandaşlarının Türkiye Cumhuriyeti veya Türk gerçek veya tüzel kişileri tarafından konvoy hadisesi ile ilgili olarak, kendilerine yönelik doğrudan ya da dolaylı olarak Türkiye'de yapılmış ve yapılacak her türlü hukuki ya da cezai talebe ilişkin her türlü sorumluluktan tamamen muaf tutulmalarını sağlayacaktır" hükmü dikkate alındığında kovuşturmaya engel şart getirildiği ve bu şartın gerçekleşmeyeceği anlaşıldığından mahkememizde görülmekte olan bu kamu davasının düşürülmesine" ifadelerini kullandı.
Ayrıca davanın 4 İsrail komutanı olan sanıklar hakkındaki yakalama kararını da kaldıran mahkeme, sanıklar hakkındaki kırmızı bültenlerin de geri alınmasına hükmetti. Mahkeme tarafların karara ilişkin itirazlarını İstanbul Bölge Adliyesi'ne yapabileceğini de karara ekledi.