Buna göre, Milli Savunma Üniversitesi, Rektörlüğe bağlı Kara Harp Okulu, Deniz Harp Okulu, Hava Harp Okulu, Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu, Bando Astsubay Meslek Yüksek Okulu, Kara Harp Enstitüsü, Deniz Harp Enstitüsü, Hava Harp Enstitüsü, Müşterek Harp Enstitüsü, Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü, Alparslan Savunma Bilimleri Enstitüsü, Barbaros Deniz Bilimleri ve Mühendisliği Enstitüsü, Hazerfan Havacılık ve Uzay Teknolojileri Enstitüsü, Milli Savunma ve Güvenlik Enstitüsü ile Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü'nden oluşacak.
Üniversitenin akademik yönetim organları arasında Rektör, Yönetim Kurulu, Senato ve Yüksek Danışma Kurulu yer alacak.
Milli Savunma Üniversitesi'nin idari yönetim teşkilatı başında rektöre bağlı bir Genel Sekreter bulunacak.
İdari yönetim birimlerini, Destek Hizmetleri, Personel, Öğrenci İşleri, Kütüphane ve Dokümantasyon, Sağlık, Kültür ve Spor, Bilgi İşlem, Yapı İşleri ve Teknik, Strateji Geliştirme, Uluslararası Eğitim İlişkileri, Basın ve Halkla İlişkiler daire başkanlıkları ile Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü oluşturacak.
Üniversitenin danışma birimi ise rektörlüğe bağlı Hukuk Müşavirliği olacak.
Birimlerin görev dağılımı ile bunların altında yer alacak alt birimler, rektörün teklifi üzerine Milli Savunma Bakanı'nın onayı ile düzenlenebilecek.
