Yüksek Mahkeme, basın ve ifade özgürlüğü ihlali verdiği kararında, ‘haberler dışında somut olgular gösterilmeli' demişti. Ancak savcılık, son operasyonda yine haber, köşe yazıları ve Twitter paylaşımları dışında ‘FETÖ ve PKK adına suç işleme' iddiasına ilişkin delil açıklayamadı.
Yaklaşık bir yıl önce Cumhuriyet'in MİT TIR'ları haberini soruşturma konusu yapan İstanbul Başsavcılığı'nın, aradan geçen zamanda hukuku yine yok saydığı öne sürüldü. Cumhuriyet'in yönetici ve yazarlarına yönelik operasyon yapan savcılık, açıklamasında ‘FETÖ ve PKK adına suç işleme' iddiasına dayanak olarak yayınları gösterdi. Anadolu Ajansı da savcılığa dayandırdığı haberinde o yayınların, 17-25 Aralık, MİT TIR'ları haberleri ile 15 Temmuz öncesi ve sonrası yapılan bazı haberler olduğunu bildirdi. Anayasa Mahkemesi'nin Dündar/Gül kararı, soruşturma savcısını da bağlayan bir içtihat niteliğinde olması gerekiyordu. Dündar ve Gül, MİT TIR'ları haberleri nedeniyle tutuklandığında Anayasa Mahkemesi, bunun ifade ve basın özgürlüğünün ihlali olduğuna karar verdi. 25 Şubat 2016 tarihli kararda, kişi özgürlüğü ve güvenliği hakkının ihlal edildiğine hükmeden mahkeme, terör örgütüne yardım ve casusluk için sadece haberlerin delil olarak göstermesini yeterli bulmamıştı. Kararda, şöyle denilmişti:
"Ancak tutuklama kararının gerekçesinde söz konusu haberlerin ‘siyasal veya askeri casusluk maksadıyla' yayınlandığına ilişkin kuvvetli suç şüphesine başvuruculara isnat edilebilecek hangi somut olgulardan hareketle ulaşıldığı açıklanmamıştır. Tutuklama gerekçesinde ‘silahlı terör örgütüne üye olmaksızın bilerek ve isteyerek yardım etme' suçuna ilişkin kuvvetli suç şüphesi yönünden ise başvurucuların, yayınladıkları haberlerin ‘hakkında soruşturma devam eden terör örgütü ile ilgili olduğunu mesleki durumları itibarıyla bilmeleri gerektiği' kanaati dışında yardım etme suçlamasına dayanak teşkil edecek somut bir olgu gösterilmemiştir."
"…isnat edilen suçlamalara temel olarak gösterilen tek olgunun başvuruya konu haberlerin yayınlanması olduğu gözetildiğinde hukukilik şartını sağlamayan tutuklama gibi ağır bir tedbir, ifade ve basın özgürlükleri bakımından demokratik bir toplumda gerekli ve ölçülü bir müdahale olarak kabul edilemez. Başvuru konusu olayda tutuklama gerekçelerinde, yayınlanan haberler dışında herhangi bir somut olgu ortaya konulmadan ve tutuklamanın gerekliliğine ilişkin gerekçeler belirtilmeden başvurucuların tutuklanmış olmasının ifade ve basın özgürlüklerine yönelik caydırıcı bir etki doğurabileceği de açıktır."
Anadolu Ajansı'nın, savcılığın ‘suçlamaların dayanağı' olarak geçtiği haberlerde, Dündar'ın daha önce yargılama konusu olan haber ve yazıları da yer aldı. Dündar, 17-25 Aralık ve MİT TIR'ları haberleri nedeniyle zaten yargılanıyordu. Aynı konuda tekrar soruşturma açılması, hukukun en temel kurallarının ihlali olarak yorumlandı. Savcılığın, Cumhuriyet'in iki manşetinin Zaman gazetesiyle aynı çıkmasını da suç olarak gördü. Fakat Sabah, Yeni Şafak gibi gazeteler, Balyoz, Ergenekon gibi soruşturmalarda Zaman'la çoğu kez aynı başlıklarla çıkıyordu. Savcılar, bugüne kadar bu durumla ilgili hiçbir ‘işlem' yapmayıp, Cumhuriyet'i soruşturma konusu yapması dikkat çekti.