Fethullah Gülen ile birlikte 2012 yılında fotoğraf çektirdiği ve ordudan birlikte atıldığı Emir Altıntaş'ı tanımadığını savunan Sipahioğlu, "Fethullah Gülen cemaatinin gönüllü bir hizmet cemaati olduğuna inandım ancak 17-25 Aralık ve 15 Temmuz sonrasında başta ABD ve İsrail olmak üzere dış ülkelerin güdümünde olan ve Türkiye aleyhinde çalışan bir terör örgütü olduğunu anladım. Ordudayken deniz subayları imamı olmadım, bugüne kadar hiçbir zaman FETÖ/PDY yapılanması içerisinde olmadım" iddiasında bulundu.
Öte yandan, Siber Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü ekipleri, Sipahioğlu'nun bilgisayarında Gülen ve Emir Altıntaş ile birlikte çekilmiş fotoğraf buldu.
Deniz Kurmay Binbaşı iken 1994 yılında YAŞ kararıyla Türk Silahlı Kuvvetleri'nden ihraç edilen Sipahioğlu, geçen yıl Gebze Belediye Başkan Yardımcılığı görevinden ayrılmıştı.
Yazar Nurettin Veren, katıldığı bir televizyon programında Sipahioğlu ile ilgili, örgütün ‘Türk Deniz Kuvvetleri'ndeki subaylardan sorumlu imamı' olduğunu ileri sürmüştü.
Gebze Cumhuriyet Başsavcı Vekili Sıddık İlgar tarafından yürütülen soruşturma kapsamında, örgütün "Türk Deniz Kuvvetleri'ndeki subaylardan sorumlu imamı" olduğu iddiasıyla hakkında yakalama kararı çıkarılan Sipahioğlu, İstanbul'un Beykoz ilçesindeki evinde gözaltına alınmış, emniyetteki işlemlerinin ardından çıkarıldığı mahkemece tutuklanmıştı.
