Cumhurbaşkanlığı Basın Merkezi'nden yapılan açıklamaya göre, Erdoğan, yeni kurulan Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğü'ne, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 130'uncu ve 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin 5'inci maddeleri uyarınca, Milli Savunma Bakanı Fikri Işık'ın önerdiği ve Başbakan Binali Yıldırım'ın uygun gördüğü adaylar arasından Prof. Dr. Afyoncu'yu atadı.
15 Temmuz darbe girişiminin ardından ilan edilen OHAL kapsamında yayımlanan Kanun Hükmünde Kararnameyle (KHK) tüm askeri okullar kapatılmış, yerine Milli Savunma Üniversitesi kurulmuştu.