Mevcut kanun kapsamında şuranın üyeleri Başbakan, Genelkurmay Başkanı, Milli Savunma Bakanı, kuvvet komutanları, ordu komutanları, Jandarma Genel Komutanı, Donanma Komutanı ile silahlı kuvvetlerdeki orgeneral ve oramiraller olarak belirlenmişti.
Değişiklikle şura üyeleri Başbakan, Genelkurmay Başkanı, Başbakan yardımcıları, Adalet Bakanı, Dışişleri Bakanı, İçişleri Bakanı ve Milli Savunma Bakanı ile kuvvet komutanları oldu.
Mevcut kanun kapsamında Genelkurmay 2. Başkanı Şura'nın genel sekreteri olarak görevlendiriliyordu. Değişiklikle Şura'nın sekretarya hizmetleri Milli Savunma Bakanlığınca yürütülecek. Şura'nın çalışma usulleri, genel sekreterliğin her türlü iş ve işlemleri Yüksek Askeri Şura ile kabul edilecek bir iç tüzükle düzenleniyordu. Değişiklikle, söz konusu işlemler Başbakanlık tarafından çıkarılacak yönetmelikle belirlenecek.