İddianameye göre, Fethullah Gülen ve cemaati, 1971 yılından itibaren TSK içerisinde örgütlenmeye çalıştı. Örgüt içerisinde faaliyet gösteren talebe imamları aracılığı ile örgüt evlerinde, okullarda ve yurtlarda askeri lise ve harp okullarına öğrenci hazırlayan cemaatin bu faaliyetleri 1984 yılından sonra yoğunluk kazandı.
Cumhuriyet'ten Alican Uludağ'ın haberine göre, iddianamede, "O dönemde TSK içerisine yerleştirilen bu öğrencilerin birçoğu şu anda kurmay albay veya general rütbesindedir" denildi.
AK Parti'nin iktidara geldiği yıllarda ise sadece 2003'te 2 astsubay, cemaat mensubu olduğu gerekçesiyle ordudan ihraç edildi. İddianamede, buna ilişkin, "TSK, 2003 yılından sonra Fetullahçı olduğunu bildiği hiç kimsenin ilişiğini kesmemiştir. Bundan sonra inisiyatif örgüte geçmiş ve TSK içinde bu örgütten olmayan veya muhalif olan herkesi tasfiye etmeye başlamıştır" denildi. O dönem YAŞ'a başkanlık eden Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan ile Milli Savunma Bakanları, ‘irtica' gerekçeli ihraç kararlarına şerh düştü. Bir süre sonra da YAŞ'ta ihraç uygulamasına son verildi.
KUMPAS SORUŞTURMALARI
TSK'da sayısal varlığını her yıl artıran cemaat, gücünü artırmak amacıyla bu kez Ergenekon, Balyoz, 28 Şubat, Askeri Casusluk gibi ‘kumpas' soruşturmalarla Atatürkçü subayları tasfiye etti. Sadece 72'si general olmak üzere 400 asker Ergenekon ve Balyoz davalarında yargılandı. Bu askerlerin tasfiye edilmesiyle birlikte ordu içinde cemaatin önü açıldı.
