İstanbul Cumhuriyet Savcısı Faruk Söker tarafından hazırlanan 276 sayfalık iddianame mahkemeye gönderildi. Hürriyet'ten Toygun Atilla'nın haberine göre, gazeteci Mehmet Baransu'nun 1 numaralı sanık olarak yer aldığı iddianamede, Tuncay Opçin, Yasemin Çongar, Ahmet Altan ve Yıldıray Oğur da diğer sanıklar olarak yer aldı.
Mehmet Baransu ve Tuncay Opçin'e ‘terör örgütü kurma ve yönetme' suçlamasının yapıldığı iddianamede, Altan, Çongar ve Oğur için 'Devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri temin etme', ‘Terör örgütü propagandası yapmak, devletin güvenliğine ve siyasal yararına ilişkin gizli kalması gereken bilgileri açıklama', ‘Devletin güvenliğine ilişkin belgeleri tahrip etme, amacı dışında kullanma, hile ile çalma' suçlaması yöneltildi.