Anadolu Selçuklu Sultanı 1'İnci Alaeddin Keykubad'ın kızı Hüdavent Hatun tarafından 1253 yılında yaptırılan Çifte Minareli Medrese, 15 Ağustos 2011'de restorasyona alındı. Dış dünyaya kapıtılan medresenin restorasyonu için 6 milyon 22 bin lira ihale bedeline karşın ilave işler ve keşif artışlarıyla 7 milyon lira dolayında harcama yapıldı.
15 Ocak 2015 tarihinde restorasyonun bitmesi planlanırken uygulamada ortaya çıkan yeni durumlar nedeniyle 10 farklı revize proje hazırlandı. Önümüzdeki Mayıs ayına kadar yeniden turizme açılması beklenen ve müze olarak hizmet vermesi gündemde olan Çifte Minareli Medrese'nin çatı kısmında yapılan çalışmadaki yeni uygulamalar eleştirilere hedef oldu.
Önce havalandırma için medresenin arka bölümünü çelik bir yapı konuldu. Ardından, arka tarafa yapılan merdiven için cam bölme inşa edildi. Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'nun onayıyla yapılan restorasyonda, son olarak tarihi yapının çatısındaki kar ve yağmur sularını taşıyacak olan 15 ayrı çelik boru monte edildi. Çifte Minareli Medrese'nin yanı başındaki tarihi Ulu Cami'de de restorasyon sırasında benzer tahliye boruları yaptırıldığı dikkat çekti.
