BM, Kunduz'daki hastane saldırısına ilişkin bağımsız soruşturma açıp açmama kararını AB, NATO ve Afgan güçlerinin soruşturmalarından çıkacak sonuçları görene kadar erteledi. BM Genel Sekreteri Ban Ki-mun, 22 sivilin öldüğü saldırıyla ilgili olarak ‘tarafsız’ bir soruşturma yürütülmesi gerektiğini söylese de BM’nin bu sorumluluğu alacağına dair bir ifade kullanmadı. Tek istedikleri şeyin ‘güvenilir ve şeffaf’ bir soruşturma olduğunu belirten Ban, “Böyle bir soruşturma açmak için hâlâ erken. ABD, NATO ve Afganistan’ın soruşturmalarının sonuçlarını bekliyoruz” dedi.
BM İnsan Hakları Yüksek Komiseri Zeyd Raad el Hüseyin, yaptığı yazılı açıklamada, saldırı hakkında hızlı, kapsamlı ve şeffaf bir araştırma yapılması gerektiğini belirtmişti. Zeyd, "Bu olay tamamen trajik, affedilemez ve hatta büyük ihtimalle suç unsuru oluşturuyor" ifadesini kullanmıştı.
Diplomatik kaynaklara göre de BM’nin soruşturma açma ihtimali çok düşük. Çünkü ABD’nin böyle bir soruşturmayı tek başına yürütecek kapasiteye sahip olduğu düşünülüyor ve olay sivilleri hedef alan sistematik bir saldırı olarak nitelendirilmiyor.