İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na sunulan Paralel Devlet Yapılanması'nın Tahşiye iddianamesinde, Gülen'in 'silahlı örgüt kurmak veya yönetmek' suçundan 15 ile 22,5 yıl, 'resmi belgede sahtecilik'ten 3 ile 7,5 yıl ve 'iftira' suçundan da 1 ile 4 yıl olmak üzere toplam 19 yıldan 34 yıla kadar hapisle cezalandırılması istendi.
Gülen'in 1 numaralı şüpheli olarak yer aldığı iddianamede, Samanyolu Yayın Grubu Başkanı Hidayet Karaca, eski emniyet müdürleri Tufan Ergüder, Ali Fuat Yılmazer, Yurt Atayün, Ömer Köse ve Mutlu Ekizoğlu'nun da aralarında bulunduğu diğer 32 şüphelinin 'silahlı örgüte üye olmak', 'resmi belgede sahtecilik' ve 'iftira' suçlarından toplam 11,5 ile 26 yıl altışar ay arasında değişen hapis cezalarına çarptırılması talep edildi.