Estonya Genelkurmay Başkanlığı'nın iddiası hakkında bir açıklama yapan Rusya Savunma Bakanlığı, Hava-Uzay Kuvvetleri'ne ait Il-76 tipi askeri kargo uçağının 3 Şubat'ta Kaliningrad Bölgesi'nde daha önceden mutabık kalınan bir güzergahta planlı uçuş gerçekleştirdiğini vurguladı.
Uçuş sırasında uçağın vericisinin (transponder) açık olduğunun altını çizen bakanlık, "Uçuş, uluslararası hava sahası kullanım kurallarına tamamen uygun şekilde, diğer ülkelerin sınırları ihlal edilmeden gerçekleştirildi ve bu durum, objektif kontrol araçlarıyla doğrulandı" ifadelerini kullandı.
Il-76 pilotlarının Estonyalı hava trafiği kontrolörleriyle sürekli irtibat halinde olduğunu da kaydeden bakanlık, kontrolörlerin uçuş gününde ve sonrasında Rus mürettebata herhangi bir şikayet iletmediğinin altını çizdi.