NKÜ Rektörü Şimşek hakkında FETÖ'nün 'üniversite yapılanması'na yönelik soruşturma kapsamında 'örgüte yardım ettiği' iddiasıyla 15 yıla kadar hapis istemiyle hazırlanan iddianame Tekirdağ 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nce kabul edildi.
Bunun üzerine Şimşek, YÖK tarafından görevinden alındı. YÖK tarafından rektörlük görevini vekaleten İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Sedat Murat'ın yürütmesi uygun görüldü.
Rektör Şimşek, 22 Haziran 2017 tarihinde FETÖ'nün üniversite yapılanmasına yönelik yürütülen soruşturma kapsamında Tekirdağ Emniyet Müdürlüğü Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele Şube ekiplerince gözaltına alınmış ve adliyeye sevk edildikten sonra çıkarıldığı mahkemece adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.