Prof. Yalçın, 2013 yılında verdiği mülakatta 'uluslararası bilim camiasının kazı sonuçlarını beklediğini' ileri sürmüştü. Ancak o çalışmalar bir gece hırsızların kalenin içindeki kazı deposunu soymasıyla sekteye uğradı.
2 yıllık kazı çalışması sonucunda bulunan 661 eser ortadan kayboldu. Kültür ve Turizm Bakanlığı verilerine göre 7 Şubat 2015 gecesi Yoros Kalesi arkeolojik kazılarına ait kazı deposunun kapısının mühürü ve kilidi kırıldı. Bu durum ertesi gün kazı bekçisi tarafından bildirildi. Daha önce 2010 yılında da kalenin Bizans dönemine ait mermer kitabesi çalınmış, bir evin ahırında gömülü olarak bulunmuştu.
Soygundan üç yıl sonra şubat ayında açılan soruşturma sonucunda eserlerle ilgili herhangi bir ize rastlanmadı. Soygunun nasıl olduğu ve içerden yardım alınıp alınmadığı belirlenemedi. Bakanlıktan yapılan açıklamada şöyle denildi: "Kayıp eserler, çeşitli niteliklerinden ötürü etütlük malzeme olarak ayrılan eserlerden olup bazısının çok küçük parçalar halinde formsuz nitelikte, aralarında pişmiş toprak kap (kulp, dip, ağız, gövde, kapak parçaları), kandil parçaları, lüle ve parçaları, sikke, mermi kovanları ve metal objeler şeklinde tanımlanabilen malzemelerden oluştuğu bilinmektedir. Söz konusu kayıp eserlerin bulunabilmeleri için yurtiçinde ve yurtdışında gerekli duyuruları yapılmıştır."