İddiaya göre İnce'nin yapacağı ziyaret öncesi Güvenlik Amiri Ali Nergis, Dekanlık katına çıkarak Rektörlük tarafından ziyaretin istenmediğini Prof. Duran'a iletti. BirGün gazetesinden Serbay Mansuroğlu'nun aktardığına göre Dekan Prof. Dr. Duran, İnce'nin ziyaretini kabul edeceğini açıklamasının ardından güvenlik amiri Nergis'in 'Muharrem İnce'yi buraya sokamazsınız. Sokarsanız gününüzü görürsünüz' şeklinde tehdit ettiği iddia edildi.
Bu gelişmelerin ardından Dekan Prof. Dr. Alaattin Duran'ın gece 23.00 sularında telefonla aranarak görevden alındığı bildirildi.
CHP'li Ali Şeker, yaptığı açıklamada İnce'nin ziyaret heyetinde kendisinin de yer aldığını, hem Dekan Prof. Dr. Duran'ın hem dekan yardımcılarının tehdit edildiğini kaydetti.
Şeker, "Cerrahpaşa bu ülkenin en önemli bilim kurumlarından. Bu ülkeye parlak beyinler yetiştiren Cerrahpaşa, Kurtlar Vadisi raconuyla güvenlik amiri tarafından bir bilim insanının tehdit edilmesi kabul edilemez" diye konuştu.